DNA-tests for hvide mennesker viser, hvor ulige videnskaben er blevet

Farve genomik

DNA-testfirmaet Color Genomics siger, at det tidligt næste år vil tilbyde kunderne en ny type genanalyse, der kan fortælle dem, om de er i risiko for et hjerteanfald.

Her er problemet dog: det virker kun hos hvide mennesker.

Den nye type DNA-analyse, kaldet en polygen risikoscore, kan forudsige folks risiko for en række alvorlige sygdomme, herunder kræft, diabetes og tilstoppede arterier. Det er en stor nok aftale til at være på vores liste over 10 gennembrudsteknologier i år.

Men fordi algoritmerne blev udviklet ved at bruge store databaser med sundheds- og DNA-data, hovedsagelig fra personer med nyere europæiske aner, er testene ikke så nøjagtige i andre grupper, som sorte amerikanere, latinamerikanere og asiater.

For virksomheder som Color, der er baseret i nærheden af ​​San Francisco, udgør det et dilemma.

At kun kunne tilbyde et produkt til én del af befolkningen er urimeligt og burde være uacceptabelt for feltet, siger Alicia Zhou, forskningschef i virksomheden. På den anden side virker testene hos nogle mennesker; de kunne faktisk redde liv nu. 'At holde data tilbage fra enkeltpersoner, der kunne have gavn af det,' ville også være forkert, siger hun.

For at hjælpe med at løse problemet, siger firmaet, har det gjort genetiske data tilgængelige om 50.000 mennesker, inklusive minoriteter. Og det håber, at andre videnskabsmænd vil bruge dataene til at fremskynde arbejdet med at udvikle risikoscore for mennesker med alle baggrunde. Vi kan ikke vente i fem år, siger Zhou.

Traditionelle genetiske tests ser dybt på enkelte gener for mutationer, der forårsager sygdom. De nye risikoscore fungerer anderledes. I stedet for at inspicere ét gen, overvejer de et stort antal mål fra hele en persons genom - normalt omkring 500.000 steder - for at skabe en sammensat score, der afspejler mere risiko eller mindre, afhængigt af det samlede resultat.

Problemet er, at biobanker, der bruges til at udarbejde scoringerne, i vid udstrækning indeholder DNA fra personer af europæiske aner. Fra 2016 var omkring 80 % af de 35 millioner deltagere i et sæt store videnskabsprojekter af europæisk afstamning. Hispanics var kun 1%. (Se DNA-databaser er for hvide. Denne mand sigter på at rette det.)

Det betyder, at DNA-scorerne - og de risici, de indebærer - ikke er nær så nøjagtige, når de anvendes på andre etniciteter, hvis forfædres genetiske mønstre er anderledes. Disse underliggende forskelle mindsker nøjagtigheden af ​​risikomodellerne, nogle gange så meget, at de måske ikke er sikre at bruge.

Resultatet, frygter genetikere, er et racespecifikt medicinsk fremskridt.

Nogle videnskabsmænd ræser for at løse dette problem. For eksempel præsenterede Alicia Martin fra Broad Institute i Cambridge, Massachusetts, og 22 kolleger et statistisk skema til justering af risikoberegninger for at øge deres nøjagtighed i forskellige populationer.

Det faktum, at [risikoscore] tilbyder langt større forudsigelsesværdi hos individer af nyere europæiske aner end andre, er måske den primære etiske og videnskabelige udfordring, der forhindrer deres kliniske implementering, skriver Martin og hendes kolleger.

Alligevel er race-begrænsede polygene risikotests allerede til salg. I september 2017 føjede Myriad Genetics of Salt Lake City for eksempel en ny riskScore til sin velkendte brystkræfttest. Tidligere analyserede Myriad kun berygtede gener som f.eks BRCA2 at lede efter mutationer, der vides at føre til kræft. Den nye test, mener den, kan identificere udsatte kvinder, der ikke har en arvelig BRCA mutation. Det anvender et scoringssystem til at vurdere variationer på 86 steder i genomet på én gang.

Men fordi Myriads forskning involverede mennesker med europæisk baggrund, måtte den kun begrænse den nye test til dem. Tilsvarende Ambry Genetics, som tilbud en individualiseret vurdering af en mands risiko for prostatacancer, siger, at kun personer af nordeuropæisk afstamning er berettigede.

Ron Rogers, en talsmand for Myriad, siger, at virksomheden arbejder på at udvide testen, så den tjener 'flere etniciteter'. Han sagde i begyndelsen af ​​december, at virksomheden forventer at annoncere på et møde i San Antonio, Texas, at det har bevist, at testen også virker i latinamerikanere. Videnskaben fortsætter, og vi arbejder på det, så hurtigt vi kan, siger Rogers.

Gyldigheden af ​​de polygene risikoscore er stadig meget diskuteret, og det er ikke klart, hvor meget de vil hjælpe læger eller patienter. I tilfælde af koronararteriesygdom er den nye tilgang dog i stand til at finde om 10 gange flere mennesker med høj risiko end konventionelle vurderinger gør.

Disse personer kunne få kolesterolsænkende medicin, siger Sekar Kathiresan, en kardiolog ved Massachusetts General Hospital og Broad Institute, der udviklede hjertescore , en version, som Color planlægger at implementere.

Da hjertetesten kunne redde liv, er Kathiresan ivrig efter at gøre informationen bredt tilgængelig. Ud over at hjælpe Color med at forberede sin test, siger han, at han planlægger at lade folk vide deres risiko gratis gennem en webportal (forbrugere ville uploade deres 23andMe-profiler for at modtage et resultat).

Kathiresan er enig i, at scoren ikke forudsiger risiko så godt hos sorte som hvide. For at forbedre det, siger han, skal der udføres yderligere store hjerteundersøgelser i hver etnisk gruppe for at generere etnisk specifikke score.

Farve har en anden tilgang. I øjeblikket udregnes risikoscorerne ved at måle DNA på såkaldte microarray-chips, som billigt måler omkring 500.000 til 1 million individuelle bogstaver i en persons genom. Men disse chips er også designet med en skævhed mod europæernes genomer, siger Zhou.

I en meddelelse i dag siger Color, at det har været i stand til at indsamle den samme information ved hjælp af højhastigheds-DNA-sequencere, den type maskiner, den allerede anvender i sit laboratorium. Prisen er mindre end $40, ifølge Othman Laraki, virksomhedens grundlægger. Laraki siger, at innovationen vil give Color mulighed for at tilbyde en risikotest for hjerteanfald i begyndelsen af ​​næste år og i sidste ende også kan hjælpe med at løse raceforskelle.

Begrænsningen ved ikke at kunne anvende det på forskellige populationer er en torn i øjet, siger han.

skjule