211service.com
En startup bruger skyen til at optrevle DNA
Siden afslutningen af Human Genome Project i 2003 har en række teknologiske fremskridt gjort det hurtigere og billigere at sekventere et menneskeligt genom. Men der er stadig et stort problem: Hvad gør du med alle de data, når du har optrevlet dem?
DNA-analytiker: Andreas Sundquist var med til at stifte DNAnexus, en virksomhed, der bruger cloud computing til at analysere sekventeret DNA.
For Andreas Sundquist er svaret at sende det til skyen. Sundquist er administrerende direktør og medstifter af DNAnexus , en softwarestartup, der positionerer sig mellem DNA-sekventeringsfaciliteter og dem, der har brug for at administrere og hente information fra sekventerede genomer – herunder akademiske forskere, læger og bioteknologiske og farmaceutiske virksomheder.
Jo mere og mere data du producerer hurtigere og billigere, jo mere er flaskehalsen – som før var selve DNA-sekventeringen – faktisk nu datahåndteringen, siger han.
Sundquist ser sin virksomhed som et øjeblikkeligt online genomicscenter, der giver kunderne øjeblikkelig adgang til store lagre af DNA-data og til analyseværktøjer, så de kan give mening ud af det hele – og potentielt komme med bedre behandlinger for kræft og genetiske sygdomme, såvel som identificere genetiske forbindelser til sygdomme som autisme og alkoholisme.
Sådan fungerer det: Dit laboratoriums data uploades til DNAnexus gennem en webbrowser eller sendes via en DNA-sekventeringsmaskine, der er forbundet til internettet. Det sidder så på din cloud-baserede konto (virksomheden bruger Amazons og Googles cloud-tjenester). Du logger ind på kontoen på din computer for at se dataene og bruger DNAnexus's værktøjer til at analysere dem.
Til sidst håber Sundquist, at DNAnexus vil samle en masse forskellige genetiske databaser (som indtil videre har tendens til at eksistere alene uden at være forbundet med andre), og hjælpe med forskningsindsatsen, lægemiddelopdagelser og oprettelsen af lægemiddelmålrettede diagnostiske tests.
Og Sundquist forventer, at markedet for Mountain View, Californien-baserede DNAnexus' tjenester vil vokse dramatisk. Han anslår, at omkring 20.000 fulde genomer allerede er blevet sekventeret på verdensplan, og forudser, at dette vil stige til en million om flere år, efterhånden som prisen og den nødvendige tid fortsætter med at falde (lige nu anslår han, at processen tager omkring en dag og koster omkring 4.000 dollars) . Alle de data vil beløbe sig til mere end en exabyte data – en milliard gigabyte – og der vil være brug for hundredtusindvis af centrale behandlingsenheder for at analysere det hele, vurderer han.
DNAnexus er ikke det eneste selskab, der satser på denne vækst. David Dooling , assisterende direktør for Genome Institute ved Washington University i St. Louis, påpeger, at flere andre virksomheder også tilbyder cloud-baserede DNA-analysetjenester, bl.a. Belyse .
Jeg tror bestemt, det er godt, at der er mennesker, der forsøger at gøre analyser mere tilgængelige for et bredere samfund, siger Dooling. Jeg synes, det er et svært værdiforslag, da mange mennesker forsøger at gøre det nu.
Hvis Sundquists forventninger slår ud, vil der være masser af arbejde at gå rundt. Han forventer, at millioner af genomer vil blive sekventeret i løbet af de næste tre år. Om 10 år, mener han, vil alle i den udviklede verden få deres genom sekventeret som en del af deres lægejournaler, og at mange børn vil få deres genom sekventeret, når de bliver født.
En dag snart, når du går til laboratoriet og får lavet en test, vil nogle af disse tests dybest set være software, der kører på det genom, der allerede er en del af din rekord, siger han.
Det betyder ikke, at vi alle snart vil plukke et hår eller tørre en kind og sende det til et laboratorium for at få vores genomer sekventeret. I Sundquists syn på fremtiden bliver det endnu nemmere end som så. Jeg tror nok, du stikker tommelfingeren i din mobiltelefon, og den bliver indbygget, siger han og griner. Jeg er sikker på, at iPhone 10 vil have et DNA-sekventeringsmodul.