211service.com
Et kræftatlas til at forudsige, hvordan patienter vil klare sig
At forstå de genetiske ændringer i tumorer, der adskiller de mest dødelige kræftformer fra mere godartede, kunne hjælpe læger med at behandle patienter bedre.
I dag lancerer svenske forskere en ny katalog med åben adgang der kortlægger mange af disse genetiske ændringer. Dette atlas forbinder tusindvis af specifikke gener involveret i adskillige kræftformer til patientoverlevelse og afslører også potentielle nye lægemiddelmål.
Det nye atlas er en af flere igangværende bestræbelser på at give mening i data, der er blevet indsamlet af offentlige databaser - som National Cancer Institute's Cancer Genome Atlas - der fungerer som depoter for tumorprøver. Målet er at indsamle praktisk information, som sygdomsmarkører, der kan bruges til at udvikle kræftlægemidler og diagnostik.
For at generere atlasset brugte forskere ledet af Mathias Uhlén, professor i mikrobiologi ved Royal Institute of Technology i Sverige, en supercomputer til at analysere 17 hovedtyper af humane kræftformer fra næsten 8.000 tumorprøver. Uhlén siger, at hans team ledte efter holistiske ændringer på tværs af genomet forårsaget af disse mutationer.
De kortlagde derefter alle generne fundet i disse kræftceller for at finde ud af, hvordan proteiner lavet af disse gener påvirker patientens overlevelse. Gener bærer instruktioner til fremstilling af proteiner, og niveauet af genekspression øger eller mindsker mængden af protein, som generne laver. Disse resulterende proteiner kan dramatisk påvirke biologiske processer som cancer.
Forskerne observerede, at niveauerne af proteiner i forskellige kræftformer varierede meget, hvilket forstærker behovet for personlig kræftbehandling baseret på de unikke egenskaber ved en patients tumor, siger de.
Forskerne fandt ud af, at mere end 2.000 gener havde forskellige virkninger på en patients overlevelse afhængigt af kræfttype og hvor tumoren var placeret i kroppen. I nogle tilfælde var gener, der var mere udtrykt, forbundet med bedre patientresultater, og andre forudsagde dårligere udsigter for patienter. Resultaterne er detaljerede i dag i journalen Videnskab .
Uhlén og hans team identificerede et andet sæt af mere end 2.000 gener, der potentielt kunne dræbe tumorvækst, men siger, at at påvirke de fleste af disse mål med lægemidler sandsynligvis vil have alvorlige bivirkninger for patienterne. Af dem forudsiger de 32 gener fundet i mere end 80 procent af tumorerne, uanset kræfttypen, repræsenterer lægemiddelmål.
Tidligere har forskere fokuseret på at bruge DNA-sekventering til at identificere genetiske mutationer involveret i kræft. For at lave dette nye atlas brugte videnskabsmænd RNA-sekventering til at forstå, hvordan gener ændrer sig, når de påvirkes af kræft.
John Leite, vicepræsident for onkologi hos gensekventeringsfirmaet Illumina, siger, at der vil være behov for masser af biologisk information for at forstå de underliggende mekanismer, der driver kræftdannelse og i sidste ende giver forskere og læger mulighed for at forudsige de bedste behandlingsmuligheder for patienter. Det er her dette nye atlas kunne hjælpe.
Nicolas Robine, assisterende direktør for beregningsbiologi ved New York Genome Center, siger, at atlasset vil være en nyttig ressource for forskere, men sagde, at det ikke kan give et endegyldigt, automatiseret svar til læger, der spekulerer på, hvordan en patients kræft vil udvikle sig. Det er ikke sådan, at du tilslutter din udtryksprofil, og den fortæller dig, om du har et bedre eller dårligere resultat.
Atlasset er en del af et svensk program, der startede i 2003 med det formål at kortlægge alle de menneskelige proteiner, som kroppens omkring 20.000 eller flere gener fremstiller.