Humant genom kontamineret med Mycoplasma DNA

Tidligere i år meddelte molekylærbiologer det 20 procent af ikke-menneskelige genomdatabaser er forurenet med humant DNA , sandsynligvis fra forskerne, der sekventerede prøverne.

Nu er det menneskelige genom selv blevet forurenet. Bill Langdon ved University College London og Matthew Arno ved Kings College London siger, at de har fundet sekvenser fra mycoplasma-bakterier i den humane genomdatabase.

Denne forurening har vidtrækkende konsekvenser. Biotekvirksomheder bruger den humane genomdatabase til at skabe DNA-chips, der måler niveauer af menneskelig genekspression. Langdon og Arno siger, at de har fundet mycoplasma-DNA i to kommercielt tilgængelige humane DNA-chips.

Enhver, der bruger disse chips til at måle menneskelig genekspression, måler også ubevidst også mycoplasma-genekspression.

På nogle måder er dette næppe nogen overraskelse. Det er velkendt, at mycoplasma-kontamination er udbredt i molekylærbiologiske laboratorier, siger Langdon og Arno. Med lidt held vil opdagelsen af ​​disse ting i den menneskelige genomdatabase fokusere sindene på problemet.

Et centralt spørgsmål er arten af ​​denne form for informationstransmission. Disse mycoplasma-gener har tydeligvis succes med at reproducere sig selv i silico. En mulighed er, at vi ser begyndelsen på en helt ny form for infektionslandskab.

Her kan gener, der kan maskere sig som mennesker (eller faktisk som andre organismer), med succes overføre sig selv fra en database til en anden. Og hvis vi tænker på dette som virtuel infektion, er et sikkert bud, at vi vil bekymre os om virtuel udvikling i den nærmeste fremtid.

Men hvad skal man gøre? Niveauet af forurening og den måde, det spredes på, tyder på, at forskerne er ved at tabe kampen for at eliminere den. Vi frygter, at de nuværende værktøjer vil være utilstrækkelige til at fange gener, der har sprunget siliciumbarrieren, siger de.

Mest skræmmende af alt er muligheden for, at Langdon og Arno måske kun har ridset overfladen. Efter at have fundet to mistænkelige DNA-sekvenser, ser det ud til, at den offentliggjorte humane genomsekvens indeholder mere, siger de.

Hvis virtuel infektion virkelig er et så stort problem, som Langdon og Arno foreslår, kan vi godt være nødt til at beskytte databaser med den genomiske version af antivirussoftware, en slags virtuelt immunsystem.

Men dette i sig selv vil sandsynligvis udløse et evolutionært våbenkapløb, der udvælger gener, der er mest i stand til at slå sikkerhedsforanstaltningerne.

Det er klart, at dette er en brændenælde, der skal gribes hurtigt. Det er hvis det ikke allerede er for sent.

Ref: arxiv.org/abs/1106.4192 : Flere mugne data: Virtuel infektion af det menneskelige genom

skjule