Hvordan en Wiki holder direkte-til-forbrugergenetik i live

Da Meg DeBoe sidste år besluttede at bruge sin julefond for at bestille en forbruger-DNA-test til $99 fra 23andMe sidste år, blev hun skuffet: den ankom uden information om, hvad hendes gener sagde om hendes chance for at udvikle Alzheimers og hjertesygdom. Rapporten dykkede kun ned i hendes genetiske genealogi, mulige slægtninge og etniske rødder.

Det skyldes, at bare en måned tidligere, i november 2013, havde Food and Drug Administration slået ned på 23andMe. Direkte-til-forbruger-gentestfirmaets populære DNA-sundhedsrapporter og smarte tv-reklamer var ulovlige, sagde det, da de aldrig var blevet godkendt af agenturet.

Men DeBoe, en mor blogger og forfatter til børnebøger, fandt en måde at få de sundhedsoplysninger, hun alligevel ønskede. Brug af en lavbudget webtjeneste kaldet Promethean , hun betalte $5 for at uploade sine rå 23andMe-data. Inden for et par minutter undersøgte hun en rapport med indlæg, der opdelte hendes gener i dårlige nyheder og gode nyheder.

Da titusindvis af andre søger lignende information om deres genetiske disposition, indlæser de deres DNA-data på adskillige lidet kendte websteder som Promethease, der som standard er blevet de største udbydere af genetiske forbrugersundhedstjenester i USA – og næste mulige mål for nervøse regulatorer.

Efter FDA-indgrebet handler forbrugerne med oplysninger om, hvor de kan lære om deres gener. Lad ikke manden stoppe dig, sagde en.

Promethease blev skabt af et lille tomandsfirma drevet som et sideprojekt af Greg Lennon, en genetiker baseret i Maryland, og Mike Cariaso, en computerprogrammør. Det fungerer ved at sammenligne en persons DNA-data med indlæg i SNPedia, en vidtstrakt offentlig wiki om menneskelig genetik, som parret oprettede for otte år siden og drives med hjælp fra et par dusin frivillige redaktører. Lennon siger, at Promethease bliver brugt til at bygge så mange som 500 genrapporter om dagen.

Mange mennesker ankommer direkte fra 23andMe. Efter at dets sundhedsrapporter blev blokeret, klagede forbrugerne vredt over FDA på virksomhedens Facebook-side, hvor de også uploadede links til Promethease-webstedet, og kaldte det en løsning, en måde at få udtømmende medicinsk information i rapporter, der ligner, men ikke som smuk. Stemningen var præget af civil ulydighed. Lad ikke manden forhindre dig i at blive genotypet, skrev en.

FDA er forsigtig med personlig genomik, fordi selvom DNA-data er nemme at indsamle, er deres medicinske betydning mindre sikker.

Forbruger-DNA-tests afgør, hvilke almindelige versioner af de 23.000 menneskelige gener, der udgør din individuelle genotype. Da videnskaben forbinder disse varianter med sygdomsrisiko, har tanken været, at genotyper kunne forudsige din chance for at få kræft eller hjertesygdom eller miste dit syn. Men det er svært at forudsige risiko. De fleste gener siger ikke noget afgørende om dig. Og hvis de gør det, kan du godt ønske dig en læge ved din side, når du finder ud af det. Jeg tror ikke på, at denne form for risikovurdering er moden nok til at være et forbrugerprodukt endnu, siger David Mittelman, chief scientific officer for Gene by Gene, et genetisk laboratorium, der udfører tests.

Ud over 23andMes sundhedsrapporter nævnte FDA også faren for, at fejlagtige fortolkninger af gendata kunne få nogen til at opsøge unødvendig operation eller tage en overdosis af lægemidlet. Kritikere af beslutningen sagde, at den havde mere at gøre med spørgsmål om, hvorvidt forbrugere skal have ret til at få genetiske fakta uden at gå gennem en læge. Det er et næsten filosofisk spørgsmål om, hvordan medicin skal leveres, siger Stuart Kim, en professor ved Stanford University, som hjalp med at udvikle et DNA-fortolkningssted kaldet Interpretome som en del af en klasse, han underviser i genetik. Vil det blive koncentreret af lægeforeninger eller derude på internettet, så folk kan interagere?

Nu er et spørgsmål, om Promethease og lignende websteder kunne eller burde være det næste mål for regulatorer. Lennon mener, at hans tjeneste er uden for FDA's rækkevidde, fordi den ikke tilbyder et spyttesæt eller selv udfører DNA-tests, men i stedet fungerer som en litteratursøgningstjeneste, der præsenterer en version af, hvad der står i videnskabelige tidsskrifter. Reguler os, siger Lennon, og du bliver også nødt til at lukke WebMD og Wikipedia ned.

Nås af MIT Technology Review , sagde FDA, at det har autoritet til at regulere software, der fortolker genomer, selvom sådanne tjenester gives væk gratis. Styrelsen kommenterer ikke konkrete virksomheder.

Vi ved, at de kender til os, siger Lennon. De har ikke banket på vores dør. Vi ved ikke, om de kommer og banker på i morgen.

Gen resultater

Promethease kan genanalysere resultaterne af genotypetests solgt lovligt for $99 til $199 af en række slægtsforskningsvirksomheder, herunder 23andMe, Ancestry.com og National Geographic's menneskelige herkomstprojekt . Adskillige andre websteder, der kun kan fortolkes, herunder Interpretome, LiveWello og Genetic Genie, analyserer også resultaterne af disse tests, som leveres til kunderne som en tekstfil, der indeholder en liste over genetiske variationer.

For Barbara Evans, professor ved University of Houston Law Center, er ideen om, at folk kan indsamle DNA fra én virksomhed og analysere den andre steder, en væsentlig juridisk udvikling. Tidligere var det samme laboratorium, der testede dig, den, der fortalte dig, hvad resultaterne betød. Men DNA-information er i det væsentlige digital. Det betyder, at den kan plug and play hvor som helst. Det bliver ret svært at regulere, forudser Evans. Hun mener, at tjenester som Promethease kunne påberåbe sig ytringsfrihedsargumenter og andre juridiske forsvar, hvis regulatorer nogensinde henvendte sig til dem.

Det er ikke rimeligt at tro, at der er en bestemt dato - den 18. maj 2035 - hvor genomet vil give mening, og det er den dag, du får lov til at se det.

MIT Technology Review testet adskillige fortolknings-only sites ved hjælp af DNA-data fra anonyme donorer offentliggjort af Personal Genome Project, et datadelingsinitiativ startet af Harvard Medical School. Alle steder rapporterede hurtigt genvarianter indeholdt i filerne, selvom antallet af rapporterede varianter varierede, fra så få som 35 til så mange som 17.667 for Promethease. Nogle af rapporterne var også mere detaljerede end andre.

To af webstederne så ud til at være designet til at styre brugerne mod alternativ medicin. Genetic Genie, en gratis tjeneste, der bærer annoncer for vitaminer, rapporterede de færreste gener i, hvad det kaldte en afgiftningsprofil. LiveWello opkrævede $19,95 og inkluderede flere gener samt links til videnskabelige rapporter. Siden henviste dog brugerne til at få en forklaring på resultaterne ved at kontakte kiropraktorer, diætister og krops-sind-healere, hvis telefonnumre den oplyste.

Et skærmbillede af en genrapport oprettet af Promethease. Rapporten viser formodede medicinske effekter af en persons gener.

Promethease-rapporten var den mest detaljerede, selvom dens klodsede design med bare knogler ikke er let at bruge. Den organiserer en persons genetiske variationer under kategorier som medicinske tilstande og medicin. Brugere kan derefter klikke for at se oplysninger om individuelle gener, som videnskabelig forskning har foreslået kunne øge eller sænke deres risiko for lægemiddelreaktioner, almindelige sygdomme eller personlighedstræk såsom mangel på empati.

Oplysningerne i rapporten ligner dem i 23andMes forbudte Personal Genome Service, men der er forskelle. Promethease gør en lille indsats for at kombinere de genetiske risici for en sygdom til et enkelt forståeligt tal. Det gør rapporten mere som et virvar af fakta end en diagnose. Lennon siger, at dette er bevidst. Han siger, at 23andMe trådte på vaklende videnskabeligt grundlag ved at forsøge at fusionere risici til én pæn score.

Alle vil gerne sælge et simpelt svar: ’Her er din risiko.’ Men vi ved ikke, hvordan disse ting interagerer, siger han. Samtidig mener han, at den usikre værdi af DNA-oplysninger ikke er en grund til at holde dem væk fra lægfolk. Det er ikke rimeligt at tro, at der er en bestemt dato - den 18. maj 2035 - hvor genomet vil give mening, og det er den dag, du får lov til at se det, siger han.

For nu skal forbrugerne klare sig selv i et krat af videnskabelig information - og træffe deres egne beslutninger om risici. For DeBoe, bloggeren, betød dette at bringe noget perspektiv og sund fornuft til den rapport, hun købte fra Promethease. Den fortalte hende, at hendes versioner af 11 gener medførte en vis øget risiko for brystkræft, og en sænkede den. Men hun var ikke bekymret, for det viser sig, at det ikke er usædvanligt. Det er ikke en krystalkugle. Den fejl tror jeg, mange begår, siger hun. Når det er sagt, gik jeg ind i det for at vide et par specifikke ting: hvis jeg havde en høj risiko [eller] genetisk disposition for hjertesygdomme, diabetes eller Alzheimers. Det gør jeg ikke, hvilket var lindrende.

At afgøre, om hendes lindring virkelig er berettiget, kan kræve hjælp fra en uddannet genetiker. Det er i hvert fald den nuværende opfattelse af FDA og medicinske selskaber. Men DeBoe tog rapporten til sin læge. Den sagde, at hun havde et gen for koffeinfølsomhed, og DeBoe siger, at hendes læge var enig i, at hun skulle holde sig til koffeinfri og undgå stoffer som Novocain. Jeg tror, ​​det er sådan, folk skal bruge dette - som en samtalestarter med læger, siger hun.

Under radaren

For Lennon og Cariaso repræsenterer stigningen i interessen for Promethease og SNPedia en triumf for en no-frills tilgang til genetik. I 2006, samme år som 23andMe blev grundlagt, lancerede de SNPedia som et websted, der ville lade dem – og alle andre – holde styr på, hvad videnskaben lærte om hver genvariant. Lennon siger, at webstedet er modelleret på Wikipedia. Det var løftet om genomet, at det skulle være for alle, siger han.

I disse dage holder SNPedia styr på omkring 57.000 genvarianter (kendt som single-nucleotid polymorphisms eller SNP'er) med hjælp fra et par dusin frivillige. En hyppig bidragyder er James Lick, en iværksætter, der ejer to Subway sandwich-franchises i Taipei. Lick, som er adopteret, siger, at han blev interesseret i genetik, mens han ledte efter sine fødende forældre og nu bruger et par timer om ugen på at opdatere SNPedia. I sidste måned oprettede han en ny fortegnelse for et gen kaldet NGLY1, og tilføjede et link til til New Yorker artikel der diskuterede genet og dets rolle i en sjælden børnesygdom. I modsætning til det regeringsdrevne dbSNP, som sporer millioner af variationer, uanset om der er noget, der er kendt om dem eller ej, fokuserer SNPedia på variationer, der har kendte effekter på en person. Det er ikke alt - bare hvad der er interessant, og hvor nogen går igennem besværet med at oprette en side, siger Lick.

Forbrugerne må klare sig selv i et krat af videnskabelig information - og træffe deres egne beslutninger om risici.

Indsatsen har været lavmælt; SNPedia er for det meste et sted for det, Cariaso kalder rekreativ genomik. Lennon, der havde surret på venturekapital, ønskede heller ikke investorer involveret. Som et resultat blev deres arbejde overskygget af 23andMe, som rejste $126 millioner og hyrede mere end et dusin ph.d.-genetikere til at kurere sine egne genlister. Dets administrerende direktør, Anne Wojcicki, som er gift med Googles medstifter Sergey Brin, landede på magasinforsider, og et bestyrelsesmedlem forudsagde, at hendes startup ville blive Google for personlig sundhedspleje.

Det skete ikke på den måde. Og efter FDA's handling for at blokere 23andMe's rapporter, steg trafikken til websteder, der kun fortolker. Interpretome, vedligeholdt af Konrad Karczewski, en postdoc-forsker ved Massachusetts General Hospital, har nu 80 til 100 besøgende om dagen, dobbelt så mange som sidste år. Endnu flere er på vej til Promethease. Lennon siger, at webstedet i gennemsnit har mellem 50 og 500 rapporter om dagen, inklusive en gratis version og et hurtigere betalt produkt. Han vil ikke blive for specifik omkring tallene eller sige, hvor mange penge Promethease tjener. Vi er lidt generte med at sige, hvor meget forretning vi laver, siger han.

Det kunne være ud af et ønske om ikke at vække regulatorer. FDA har et vidt skøn til at handle, men vælger ofte at ignorere små operatører, der bøjer reglerne, især hvis de undgår at fremsætte åbenlyse sundhedsanprisninger. Men Cariaso og Lennon kan ikke sige, at de ikke forudså problemer. De opkaldte trods alt deres software efter Prometheus, titanen, der trodsede guderne ved at stjæle ild fra Olympen og give den til menneskeheden. (Ifølge myten blev han senere straffet og lænket til en klippe for evigt.)

Ild er viden om dit eget DNA, siger Cariaso. Guderne er enhver, der ville forsøge at forhindre mig i at kende til mig selv.

skjule