Med Patent Suit ser Illumina ud på at tæmme den nye britiske rival Oxford Nanopore

Gensekventeringsgiganten Illumina er som standardolien fra genomalderen. Bortset fra i stedet for olie pumper den DNA.

Mere end 90 procent af alle DNA-data er genereret af maskiner, Illumina sælger, og San Diego-virksomheden ønsker at beholde det sådan.

Det forklarer, hvorfor Illumina i dag sagde, at de ville forsøge at blokere kommercielt salg af et nyt forstyrrende DNA-sekventeringsinstrument udviklet af en højtflyvende britisk rival, Oxford Nanopore.

I en patentsag og en separat klage til den amerikanske internationale handelskommission sagde Illumina, at det britiske firmas banebrydende DNA-sekventeringsenheder indeholder stjålne ideer og bør stoppes ved havnen.

Fra 2014 begyndte Oxford at sende en ny type nanopore DNA-sequencer, der analyserer DNA ved at trække molekylerne gennem en lille, sart pore (se Radical New DNA Sequencer Endelig kommer i forskeres hænder). Hver kombination af de genetiske bogstaver A, G, C, T producerer en ændring i elektrisk strøm, når den bevæger sig igennem, hvilket gør det muligt at aflæse molekylet.

Illumina siger, at det kontrollerer patentet på den pore, som Oxford bruger, noget Oxford benægter. Men den større kamp handler om teknologiplatforme, og hvorvidt nanopore-sekventering kan fortrænge Illuminas maskiner.

Illuminas instrumenter i køleskabsstørrelse er hurtige og præcise (se Hvorfor Illumina er nummer ét). Men fordi den fungerer anderledes, er Oxfords MinION, som enheden kaldes, lille nok til at være bærbar (den er omtrent på størrelse med en mobiltelefon) og læser meget lange DNA-strækninger op.

En nanopore DNA-sequencer, der sælges af Oxford Nanopore, drives af en USB-forbindelse.

Selvom den er langsommere og mindre præcis end Illuminas instrumenter, truer nanopore-teknologien med at blive en konkurrent, da forskere finder helt nye anvendelser til den som at sekventere ebola-vira og diagnosticere patienter fra et interimistisk laboratorium i Guinea .

På sin blog kaldte Mick Watson, en genforsker ved University of Edinburgh, der bruger begge teknologier, retssagerne utroligt skuffende og sagde for forskere, at det var som at have to af dine venner i kamp.

Faktisk har de to virksomheder sparret siden 2012 efter at bryde planer i fællesskab at udvikle et nanopore-instrument og blive rivaler.

I en erklæring sagde Oxford Nanopores administrerende direktør Gordon Sanghera, at retssagerne var uden berettigelse. Han sagde, at det er glædeligt at få den kommercielle relevans af Oxford Nanopore-produkter så offentligt anerkendt af markedsmonopolisten.

Oxford har ikke rapporteret nogen salgstal, men virksomheden har sagt, at mere end 1.000 videnskabelige hold bruger MinION.

Oxford er bedømt Storbritanniens mest spændende – og mest værdifulde – teknologivirksomhed med hurtig vækst. Det er allerede omkring 970 millioner pund værd, eller 1,4 milliarder dollars, og er det planlægning af en børsnotering , ifølge Sunday Times .

Indtil videre tegner Oxfords enheder sig for en del af markedet for hurtige sekventeringsmaskiner, kemikalier og software, som er værd 3-4 milliarder dollars om året, ifølge Shawn Baker, medstifter af AllSeq, et genomics-konsulentfirma.

Fordi Oxford endnu ikke er meget af en kommerciel tilstedeværelse, siger Baker, handler Illuminas retssag om at beskytte deres plads og forårsage hovedpine for Oxford, da de forsøger at offentliggøre.

Illumina har aggressivt forsvaret sin græstørv og brugt dygtigt prisnedsættelser, retssager og opkøb for at bevare sin markedsposition. I 2012 var det endda åbnede ild mod en af ​​sine største kunder , den kinesiske forskningsoperation BGI , efter at denne organisation erhvervede en konkurrerende teknologi.

Bakterier bruger naturligt proteinporer til at flytte næringsstoffer ind i deres cellekroppe. Men porerne er meget sarte, og det tog Oxford 10 år at lære at smelte dem sammen til en fysisk enhed, der kunne læse DNA.

Oxford har aldrig offentligt afsløret præcis, hvilken pore der er inde i sine maskiner - virksomheden siger, at det er en forretningshemmelighed. Men ifølge Illuminas retssager er det mere sandsynligt, at MinION end ikke bruger en pore udviklet af Jens Gundlach, en fysiker ved University of Washington og samarbejdspartnere ved University of Alabama.

Indtil Gundlachs arbejde, udgivet fra 2010 og senere licenseret af Illumina, blev nanopore-sekventering holdt op af tekniske problemer. Men Gundlach fandt, at en tragtformet pore fra bakterierne Mycobacterium smegmatis (såkaldt, fordi det findes i kønsorganer) producerede et signal omkring 10 gange stærkere end tidligere porer, ifølge Illuminas patentdragt, som begge universiteter sluttede sig til.

I sit jakkesæt siger Illumina, at mange linjer tyder på, at Oxford bruger forbedrede versioner af den pore i MinION.

Ved at bede amerikanske handelsembedsmænd om at undersøge Oxford og muligvis forhindre import af MinION til USA, kunne Illumina irritere forskere, da der ikke er nogen sammenlignelig teknologi tilgængelig. Illumina har aldrig annonceret planer om at sælge sit eget nanopore-produkt.

Illuminas advokater - Fish & Richardson i Washington, D.C. - bemærkede, at den bredere offentlighed ikke ville blive skadet, hvis MinION blev stoppet ved tolden og forbudt at komme ind i USA. Illumina kan udfylde ethvert tomrum med sine egne produkter, siger de.

skjule