211service.com
Pacific Biosciences Sequencing Machine afsløret
Pacific Biosciences' længe ventede nye sekventeringsmaskine er endelig ankommet.
Virksomheden afslørede instrumentet for deltagere i Fremskridt inden for genombiologi og teknologimøde , en smart begivenhed, der er blevet stedet, hvor man kan slå til i sekvensering. Med venture-finansiering på $266 millioner til dato og en unik teknologi, der er i stand til at læse enkelte DNA-molekyler i realtid, har Pacific Biosciences været den mest omtalte sekventeringsopstart lige siden den først dukkede op fra stealth mode ved den samme konference i 2008. Faktisk blev Pacific Biosciences kåret som en af vores TR50, top 50 mest innovative virksomheder.
Virksomheden meddelte også, at det allerede har solgt ti enheder – med et prisskilt på $695.000 hver – med et antal sekventeringscentre, der venter i kulissen. (Inkluderet i den første runde af kunder er: Baylor College of Medicine, Broad Institute, Cold Spring Harbor Laboratory, US Department of Energy Joint Genome Institute, Genome Center ved Washington University, Monsanto, National Cancer Institute/SAIC-Frederick , National Center for Genome Resources, Ontario Institute for Cancer Research og Stanford University.)
Det var på konferencen i 2008, at virksomhedens grundlægger Stephen Turner første gang fremsatte sit ofte gentagne krav om et instrument, der er i stand til at sekventere et menneskeligt genom på kun 15 minutter. Ifølge en forhåndsvisning på Bio-ITWorld.com opdaterede CEO Hugh Martin denne forudsigelse:
Selv med fremtidige opgraderinger siger Martin, at den nuværende maskine ikke vil være den, der leverer '15-minutters genomet', som PacBio-grundlæggeren Stephen Turner hævdede for to år siden. Selvom antallet af ZMW'er på en SMRT-celle vil blive fordoblet til 160.000 ZMW over tid, skal PacBio bruge 1 million for at få genomet. Det er sandsynligvis [i stand til at levere] et 2- eller 3-timers genom. V2-instrumentet vil nå målet på 15 minutter, men det er ikke planlagt til udgivelse nu før 2014.
Bio-IT-stykket bemærker også det
Martin viste ikke sporingsdata eller diskuterede fejlfrekvenser i maskinens forhåndsvisning. Ved fuld udgivelse senere på året sagde han dog, at den gennemsnitlige læselængde vil være 1000-1250 baser, brøkdele længere end 454 eller Sanger-sekventering, med 5% læsninger mellem 3-5 kb. For et målrettet sekventeringseksperiment får du 5 % af 30 % [Poisson-grænsen] af 80.000 [ZMWs] – så du får 1.000 læsninger i intervallet 3-5 kb for 99 USD. På trods af den lavere gennemstrømning sammenlignet med de avancerede andengenerationsmaskiner, pegede Martin på en fordel i fleksibiliteten, for eksempel at tillade diagnostiske prøver at blive kørt uden at skulle vente, indtil tilstrækkelige prøver gør det umagen værd at køre på en 2. generationsboks .
Ikke alle var imponerede. Genetiker og blogger Daniel MacArthur bemærkede i en seneste indlæg ,
Generelt kan jeg ikke undgå at blive overvældet af alt, hvad jeg har set fra PacBio indtil videre, især sammenlignet med de dramatisk overhypede påstande (15 minutters genom, nogen?), som virksomheden er blevet berygtet for i løbet af de sidste par år .